José Freitas Siqueira Júnior ( nascido em Miracema, Rio de Janeiro, 1 de outubro de 1967) tem dado importantes contribuições para a área da endodontia, especialmente trabalhando com questões microbiológicas. Junto com a colega Isabela Rôças, desenvolveu diversos estudos utilizando métodos de biologia molecular que ajudaram a decifrar a diversidade da microbiota que infecta os canais radiculares dos dentes. Com base em seus achados e experiência, em 2009, Siqueira e Rôças propuseram um modelo de causalidade da periodontite apical, em que a doença é resultado da patogenicidade coletiva das comunidades bacterianas no canal - o conceito de comunidade como unidade de patogenicidade.
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